Trung tâm Y tế huyện Cô Tô là đơn vị y tế đa chức năng hạng III tuyến huyện, chịu sự quản lý, chỉ đạo trực tiếp về tổ chức và hoạt động của Sở Y tế. Trung tâm Y tế huyện Cô Tô thực hiện chức năng, nhiệm vụ quy định tại Quyết định số 2263/QĐ-UB, ngày 15/11/1994 của Ủy ban nhân dân tỉnh Quảng Ninh “Quyết định về việc thành lập Trung tâm Y tế huyện Cô Tô”; Quyết định số 4218/QĐ-UBND, ngày 23/12/2009 của Ủy ban nhân dân tỉnh Quảng Ninh “Quyết định về việc xếp hạng cho các đơn vị sự nghiệp trực thuộc Sở Y tế Quảng Ninh”; Quyết định số 588/QĐ-SYT, ngày 08/5/2020 của Sở Y tế Quảng Ninh “V/v ban hành quy định chức năng nhiệm vụ và cơ cấu tổ chức bộ máy của Trung tâm Y tế huyện Cô Tô trực thuộc Sở Y tế”;
Hiện nay, Trung tâm Y tế huyện Cô Tô hoạt động theo cơ chế tự chủ theo Nghị định 43/2006/NĐ-CP, loại hình đơn vị sự nghiệp tự bảo đảm một phần chi phí thường xuyên (Thuộc nhóm III – theo phân loại quy định tại Nghị định số 85/2012/NĐ-CP) của Chính phủ.